Depuis sa création, Inter-réseaux Développement rural a connu différentes modalités d’organisation.
Dans les années 80, des réseaux thématiques sur le développement rural ont été créés, à l’initiative des pouvoirs publics français et de personnes engagées dans la coopération entre pays du Nord et du Sud.
En 1996, trois de ces réseaux « Groupements, associations villageoises organisations paysannes » (GAO), « Recherche-Développement » et « Stratégies Alimentaires » ont fusionné pour former « Inter-réseaux Développement rural », avec un rattachement institutionnel à l’Adeprina.